Евгений Михайлович родился в 1928 году, в семье рабочего, русский, образование высшее. Окончил в 1952 г. Харьковский институт механизации и электрификации сельского хозяйства. Член КПСС с 1955 года.
С 1952 по 1962 гг. работал на ответственных и руководящих должностях в сельскохозяйственных организациях Курской и Белгородской областей.
В феврале 1962 г. выдвигается на партийную работу. Семь лет был первым секретарем вначале Скороднянского, а затем Белгородского райкомов КПСС, а с февраля 1969 по февраль 1971 года - секретарем Белгородского обкома КПСС.
Проявил себя как хороший организатор, проводил большую работу по организационно-хозяйственному укреплению колхозов и совхозов. Инициативность в работе, обладание чувством нового, настойчивость внедрения в производство достижений науки и передового опыта - позволили Е. М. Щербакову умело направить деятельность сельскохозяйственных органов по осуществлению специализации и концентрации производства и переводу животноводства на промышленную основу как в Белгородском районе, так и в области.
В 1968 г. защитил диссертацию и ему присуждена ученая степень - кандидата экономических наук.
В 1971 – директор Научно-исследовательского и проектно-технологического института животноводства ЦЧЗ, образованного на базе Белгородского государственной сельскохозяйственной опытной станции. Под его руководством в институте проведена определенная работа по комплектования института кадрами, оснащению и. созданию нормальных условий в работе отделов и лабораторий, развернута научно-исследовательская работа по разработке актуальных вопросов развития отраслей животноводства. Изучаются и совершенствуются технологические процессы производства мяса говядины, свинины, продукции птицеводства и овцеводства на промышленной основе. Оказывается помощь колхозам и совхозам по вопросам улучшения технологии производства продуктов животноводства, комплексной механизации процессов труда в кормопроизводстве и на фермах. Разработана и предложена новая система организации воспроизводства стада в свиноводстве. Разработаны, изготовлены и поставлены на производственную проверку новые конструкции групповой привязи и кормушек для крупного рогатого скота. Поставлены и с высоким экономическим эффектом проводятся научно-практические опыты в хозяйствах. Много уделяется внимания строительству института и развитию производственной базы.
За достигнутые успехи по увеличению производства и продажи государству продуктов сельского хозяйства он награжден орденом Ленина и орденом «Знак Почета», медалью «За доблестный труд в ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», семь медалей ВДНХ.
Избирался делегатом XXIII съезда КПСС, депутатом Верховного Совета РСФСР VII созыва.